一种由氯化胆碱制备高纯胆碱的方法，所述方法按以下步骤进行：
1)将强酸性阳离子交换树脂进行预处理，所述的预处理过程为：酸处理、超纯水处理至中性、碱处理、超纯水处理至中性，然后重复酸处理/超纯水处理步骤两次以上，最终用大量超纯水进行冲洗，得到经过预处理的强酸性阳离子交换树脂柱；
2)将氯化胆碱水溶液通过至少一组经过预处理的强酸性阳离子交换树脂柱，去除其中的阳离子杂质；
3)通过强酸性阳离子交换柱的氯化胆碱水溶液通过双极膜电渗析处理得到胆碱水溶液和盐酸溶液；
4)将强碱性阴离子交换树脂柱进行预处理，预处理过程依次为：碱处理、超纯水处理至中性、酸处理、超纯水处理至中性，然后重复碱处理/超纯水处理步骤两次以上，最终用大量超纯水进行冲洗，得到经过预处理的强碱性阴离子交换树脂柱；
5)将步骤3)得到的胆碱水溶液通过至少一组经过预处理的强碱性阴离子交换树脂柱，去除其中的阴离子杂质，后对所得胆碱水溶液减压蒸馏浓缩至所需浓度，得到超纯胆碱水溶液。