一种从秦皮中提取高纯度秦皮甲素和秦皮苷的方法，其特征在于包括以下步骤：
(1)采用甲醇或水常规方法得到含秦皮甲素、秦皮苷等不同质量浓度的秦皮提取物；
(2)制备双水相体系，并分离得到双水相的上相和下相溶液，用上相溶液反复溶解秦皮提取物，至秦皮提取物中不含有秦皮甲素和秦皮苷为止；
(3)离心或过滤上述含有秦皮甲素和秦皮苷的溶液后，加入上述溶液1～3倍量的下相溶液，充分萃取，至上相中的固形物杂质比例不再明显减少为止，分离得到的上相溶液，浓缩得到主要含秦皮甲素和秦皮苷的溶液；
(4)采用常规手段除盐及脂溶性杂质成分后，浓缩、结晶得到高纯度秦皮甲素和秦皮苷。