3,6-二溴菲醌可用作医药合成中间体。如制备一种新型的菲并咪唑基构筑单元,并通过离子热的方法得到一种新型的菲并咪唑基三嗪聚合物。
3,6-二溴菲醌的制备:在20.8g9,10-菲醌和过氧化二苯甲酰的硝基苯溶液,滴加11.5ml液溴,滴加完成后,将混合物加热至110℃处理16h,粗产物用正己烷洗涤,过滤即得到棕色产物3,6-二溴菲醌。