6-甲氧基靛红是一种重要的医药化工中间体,可以作为起始原料参与合成多种天然产物以及活性化合物的合成。如其可以用于合成螺羟吲哚类生物碱strychnofoline,后者具有良好的抗肿瘤活性。6-甲氧基靛红的一种衍生物NMP6可以作为CB2受体的荧光探针,可以用于免疫细胞受体结合的可视化。