真核蛋白因其在真核细胞中表达时能进行复杂的翻译后修饰（如糖基化、磷酸化等），从而更接近天然蛋白的结构和功能，因此在多个领域具有重要用途35。以下是其主要应用方向：
真核蛋白是疫苗开发的核心材料，尤其是需要正确构象和免疫原性的蛋白。例如：
亚单位疫苗：如经典猪瘟病毒E2真核蛋白，因其构象完整、中和抗原表位保留，能诱导高效价中和抗体，提供有效保护2。
病毒样颗粒（VLP）疫苗：通过真核细胞共表达结构蛋白（如E2蛋白与核心蛋白），可组装成无病毒核酸的VLP，安全性高且免疫原性强2。
诊断试剂：如口蹄疫3ABC真核蛋白，用于区分感染与疫苗免疫的血清学诊断，因其仅与病毒复制相关，而灭活疫苗不产生相应抗体6。
真核蛋白适用于研究需要天然构象的复杂蛋白，例如：
结构生物学：通过真核表达系统获得正确折叠的蛋白，用于解析其三维结构5。
蛋白相互作用：如膜蛋白或激酶等，需依赖真核细胞的折叠环境维持活性3。
治疗性蛋白：如单克隆抗体、细胞因子等，哺乳动物细胞表达系统可实现人源化糖基化，确保药物安全性和有效性3。
工业酶制剂：毕赤酵母等真核系统适合生产高活性酶类，成本低且易规模化3。
真核蛋白在免疫原性、安全性和功能活性上显著优于原核表达蛋白。例如，HPV毕赤酵母疫苗比大肠杆菌疫苗更能模拟天然蛋白结构，激发更强免疫应答且过敏风险更低
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