粪便细菌基因组DNA提取方法

2019/12/31 10:27:25

概述[1-5]

肠道是哺乳动物体内的消化器官,其中含有数量巨大的细菌菌群,形成了极其复杂的细菌微生态系统,肠道微生态系统中的菌群结构、数量和种类的变化与机体的健康和疾病有着密切的关系。粪便的主要成分是微生物的菌体和食物残渣,其中包含着重要的肠道微生物信息,可以间接地反映肠道微生物的变化情况。近年来随着分子生物学研究和技术的发展,利用分子生物学技术和方法从粪便中提取肠道微生物总DNA,并对相关疾病进行研究取得了许多突破。但是粪便中含有的成分非常复杂,其中含有的色素、多糖和纤维素等物质对TaqDNA聚合酶有抑制的作用;脂类、酸类、多酚等有机物在DNA提取过程中很难去除,这些杂质不但易导致目标DNA的降解,还直接影响到后续研究的准确性。因此,以粪便为标本提取细菌基因组DNA进行肠道微生态研究的关键是能否提取到高质量的粪便细菌基因组DNA。

粪便细菌基因组DNA提取方法[6]

(1)改良CTAB方法:分别在预处理过的500μL样品中加入30μL、10%SDS,3μL蛋白酶K(20g/L) ,4μL RNaseA后混匀,37°C水浴1h;每管中加入100μL NaCL(5mol/L) ,颠倒混匀后加入80μL的CTAB/NaCL(10%CTAB,0.7mol/L NaCL) ,轻轻混匀;放入65°C水浴10min;加入等体积酚/氯仿/异戊醇(比例为25∶24∶1)混合液,混匀后12000r/min、离心10min,取上清;上清液中加入0.6倍体积的异丙醇,轻轻混匀,12000r/min、离心10min,弃上清;沉淀用1mL预冷的75%乙醇洗涤后,7500r/min离心5min,弃乙醇,在洁净工作台中稍加干燥,溶于30μL TE缓冲液中。

(2)试剂盒方法:将预处理好的样品,分别按照粪便细菌基因组DNA提取试剂盒(离心柱型)说明书的步骤进行提取。

主要参考资料

[1]吴林根,余观夏,王国兴.高校实验室安全全过程管理[J] .实验室研究与探索,2014,33(8) :300-303.

[2]黄桂兰,刘景全,刘石磊,等.实验室安全的影响因素与保障体系[J] .实验室研究与探索,2014,33(7) :301-304.

[3]李志红.100起实验室安全事故统计分析及对策研究[J] .实验技术与管理,2014,31(4) :210-213.216

[4]罗国勋.质量管理与可靠性[M] .北京:高等教育出版社,2005.

[5]樊树海,蔡虹,王宇乾,等.基于截距的抽样特性曲线性能评价[J] .工业工程,2011(5) :62-65.

[6]张杰1,张晓鹏1,李鹏高1,赵志强.小鼠粪便细菌基因组DNA提取方法比较。实验技术与管理 第34卷第12期2017年12月 

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