棉蚜与绵长管蚜
在棉花生长前期，绵长管蚜是优势种，到生长中后期，棉蚜上升为优势种，温度是决定优势种的主要因子，随着大于28℃的高温出现，绵长管蚜数量急剧下降，棉蚜数量上升。
长期以来，在新疆棉田棉蚜和棉长管蚜与棉铃虫发生重叠期长短的差异，使棉蚜接触药剂的机率或频次较棉长管蚜高3-4倍，因此棉蚜与棉长管蚜在药剂选择压力的不同下，其抗性发展速度存在明显差异，这主要体现在棉蚜对常规药剂的高抗性上。
吡虫啉和啶虫脒等新烟碱类杀虫剂，由于其作用迅速、杀虫活性高，长久以来都是棉田防治蚜虫的首选和最常用的药剂。近些年大量研究表明新疆不同地区的棉蚜对吡虫啉和啶虫脒等产生中等程度及以上的抗性及耐受性，如新疆阿克苏地区的棉蚜对吡虫啉抗性倍数为26.3，达到了中等抗性水平；库尔勒地区棉蚜对啶虫脒的抗性倍数为44.14，新疆147团的棉蚜对啶虫脒的抗性倍数高达134.4倍。
此外棉蚜对有机磷类、拟除虫菊酯类等多种杀虫剂也产生不同程度的耐受性与抗性。
氟啶虫酰胺
塔里木大学植物科学研究院2020年研究表明，近些年新疆地区氟啶虫酰胺的使用时间短，次数较少，棉蚜和绵长管蚜对氟啶虫酰胺的耐受性和抗性均最低，且致死率最高，使用氟啶虫酰胺1天后虫口减退率为50%以上，7天后减退率高达90%以上，是目前有效控制棉花蚜虫的主要化合物。