米曲霉（Aspergillus oryzae）是我国传统酿造行业的优良菌种，在酱油酿制、豆豉制作等方面都有着广泛应用。同时，米曲霉又是公认的食品安全生产菌株，发酵及后处理技术成熟，因此它除了在传统发酵工业中被用于生产酱油、豆豉产品外，还常用于生产初级、次级代谢产物及酶类产品，同时也是基因表达和蛋白分泌研究的理想对象。
特性
目前，中国酱油、酱等调味品生产用菌种仍以传统的米曲霉为主，绝大多数调味品生产企业使用As3. 951 (沪酿3. 042)菌株，其特点主要表现在：
1、酶系较全。具有蛋白水解酶和肽酶、淀粉酶和糖化酶等，能分解蛋白质和淀粉 原料生成较大量的氨基酸和还原糖等酱油、酱所需成分。
2、生长旺盛、产孢能力强。
3、传代遗传稳定性好。
沪酿3. 042菌株酶系完整，发酵后酱油、酱风味好，特别是遗传稳定性强，可以说 是一株十分优秀的菌株。但由于该菌株生长旺盛、产孢子能力特强的特性，造成扩培各阶段 包括制曲成曲的孢子大量着生；出曲过程中及出曲后一段时间内，车间内孢子飞扬，不利于 车间环境卫生的保持；而且孢子多的曲料疏水性强，不利于浸泡盐水进行发酵。
除此之外，国内外也有部分调味品生产企业使用酱油曲霉（Asperjillussojae) 菌株，与米曲霉As3.951对比，-酱油曲霉特点主要有：成曲pH高；曲中的a-淀粉酶、酸性 蛋白酶、酸性羧基肽酶活性较低；制曲过程中碳水化合物的消耗量少；曲中还原糖、乙醇、 氨的含量较多；产孢子能力较弱。此类菌株发酵出品的酱油铵盐含量较高，口感苦味较重； 特别是由于产孢性能较弱，不适合大规模酱油、酱生产使用。
应用
制曲就是利用米曲霉产生各种各样的酶的过程，制曲需要获得的是米曲霉产生的 各种酶系，而不是获得可以用来传宗接代的米曲霉孢子，所以说米曲霉的孢子不是制曲阶 段所需的产物，相反制曲阶段产生太多的米曲霉孢子给酱油生产带来了不利的影响：首先 是米曲霉的孢子体积微小、容易飞扬，易污染生产环境，加大了生产环境的清洗难度；其次， 米曲霉的孢子是疏水性的，含有大量孢子的曲料浮力增大，易在盐水表面漂浮，不利于盐水 及时浸泡到曲料，阻碍了酶对蛋白质和淀粉原料的接触分解，同时也阻碍了盐水对曲料中 污染菌的抑制。