因为蛋白酶具有不同的种类和专一性。蛋白酶可以根据不同的标准进行细分。以催化机制分，有三种不同的类型：丝氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、金属-蛋白酶。以进攻底物的方式分为内、外蛋白酶。第三种标准是变化的底物的专一性，如胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶类的酶。
对于适合的实验，必须考虑到这些划分。特别是当检测新的蛋白酶时，首先要决定的是，测试酶的专一性还是鉴别蛋白质分裂活性的光谱范围。前者需要特殊的底物，而后者采用许多种蛋白质，对于它们用量很大，因此必须找到能够检测分裂产物的方法。以下，首先描述检测一般蛋白酶活性的方法，然后是特殊的蛋白酶和肽酶。
蛋白酶活性分析方法[1]
1、Anson测定法原理
血红蛋白不是很贵，被用来做这个实验。由于处于天然结构的蛋白质通常可以抵制蛋白酶的攻击，因此首先用尿素使血红蛋白失活。分离非水解蛋白质后，利用 Folin-Ciocaheau 试剂的上清液测量消化产物。这种试剂优先识别色氨酸和酪氨酸，但是也可以识别半胱氨酸和组氨酸。实验温度取决于酶的专一性，为了稳定酶的活性，温度可从室温（25℃）变化到 50℃。
2、酪蛋白测定法原理
实验中的氨基酸由蛋白酶从酪蛋白中水解下来。在分离出 TCA 沉淀中未分解的蛋白质后，用分光光度测定的方法对其上清液分析，氨基酸来自于酪蛋白。依据酪蛋白校准曲线，已对其量化。这个鉴定不是很敏感。
3、偶氮酪蛋白测定法原理
酪蛋白的敏感性鉴定可以通过这个实验得到很大程度的改善。含氮的基团与酪蛋白的共价键被蛋白水解时切断，用 TCA 上清液测定它们的颜色变化。
4、茚三酮测定法原理
茚三酮反应是一种灵敏度高的蛋白实验。游离的氨基酸可以被高敏感性检测出来。这个方法可以被用来继续蛋白质的酶降解。上述的酪蛋白降解在这个实验系统中用作蛋白酶反应。未水解的蛋白质被三氯乙酸沉淀下来，而茚三酮反应发生在上清液。
参考文献
[1]蛋白酶活性分析试剂盒产品介绍