背景及概述[1]
近年来，新一代高通量测序技术得到了突飞猛进的发展，在此基础上，高通量RNA测序即RNA-seq也迅速发展．与基因芯片技术相比，RNA-seq无需设计探针，能在全基因组范围内以单碱基分辨率检测和量化转录片段，并能应用于基因组图谱尚未完成的物种，具有信噪比高、分辨率高、应用范围广等优势，正成为研究基因表达和转录组的重要实验手段。RNA-seq为基因组学的研究带来了高分辨率的海量数据，如何有效处理和分析这些海量数据成为这一新技术能否带来新的科学发现的关键，一些生物信息学方法与软件也应运而生。小RNA测序（smallRNA测序）是RNA-seq的一种。
应用[2-3]
1）研究采用小RNA测序技术对2株显症和无症状的‘阳光玫瑰’葡萄样品进行病毒鉴定，结果显示：显症样品中测定到8种病毒，其中包含葡萄蚕豆萎蔫病毒(Grapevinefabavirus，GFabV)和灰比诺葡萄病毒(GrapevinePinotgrisvirus，GPGV)；无症状样品中测定到3种葡萄病毒。对46个‘阳光玫瑰’样品进行14种葡萄病毒的RT-PCR检测，结果表明;‘阳光玫瑰’葡萄带毒率较高，病毒复合侵染情况普遍；显症样品中，GFabV检出率为88.2%，GPGV和葡萄浆果内坏死病毒(Grapevineberryinnernecrosisvirus，GINV)检出率为64.7%和29.4%，均明显高于无症状样品(13.8%和10.3%)。
2）通过smallRNA测序对高温耐受型棉花品系‘84021’和高温敏感型棉花品系‘H05’高温处理前后的不同发育时期的花药进行分析，发现了大量参与高温响应的smallRNA。部分研究结果利用smallRNA测序技术对正常温度和高温胁迫下高温耐受型棉花品系‘84021’和高温敏感型棉花品系‘H05’的2个不同发育时期(TS和TDS)的16个花药样品(包含2个生物学重复)进行smallRNA分析。从测序结果中共鉴定到112个已知的miRNA和270个新发现的miRNA，通过进一步筛选获得27个表达丰度较高且响应高温胁迫的miRNA。随后通过qRT-PCR对smallRNA测序的结果进行验证，并在‘84021’和‘H05’中对部分候选miRNA进行表达分析，通过测序及表达验证，筛选获得了一些参与高温响应以及花药发育的miRNA，如miR156/157，miR160，miR167，miR172等，为后续研究miRNA在花药发育及高温响应中的作用提供数据支持。
主要参考资料
[1] 新一代高通量RNA测序数据的处理与分析阳光玫瑰’葡萄病毒小RNA测序鉴定及RT-PCR检测
[2] 高温胁迫引起的棉花雄性不育中smallRNA高通量测序分析及microRNA功能验证