戊二醛在工业上有着广泛的应用，应用于石油化工、造纸、金属加工、油田注水等领域，戊二醛也还是有机合成的中间体，制革工业中的鞣革剂，蛋白质交联剂。此外，它也是快速、高效、广谱的消毒剂。本文将简要介绍将戊二醛作为消毒剂的具体用法。
浸泡消毒
将清洗后的器械放入2.0%~2.5%戊二醛消毒液浸泡，使其完全淹没，再将消毒容器加盖，常温下作用60min。使用前用无菌水冲洗干净。（GB 26372-2010 戊二醛消毒剂卫生标准 6.3）将清洗、干燥的诊疗器械、器具与物品放入2.0%的碱性戊二醛溶液中完全淹没，并应除去器械表面的气泡，容器加盖，温度20℃~25℃，消毒作用到产品使用说明的规定时间，无菌方式取出后用无菌水反复冲洗干净，再用无菌纱布等擦干后适用。（WS/T 367-2012 医疗器械消毒技术规范 C.8.1.2.1）
对内镜消毒
根据卫生部文件：卫医发[2004]100号《内镜清洗消毒技术操作规范（2004年版）》
第十七条 采用2%碱性戊二醛浸泡消毒或者灭菌时，应当将清洗擦干后的内镜置于消毒槽并全部浸没消毒液中，各孔道用注射器灌满消毒液。非全浸式内镜的操作部，必须用清水擦拭后再用75%乙醇擦拭消毒。
第十八条 需要消毒的内镜采用2%碱性戊二醛灭菌时，浸泡时间为：
（一）胃镜、肠镜、十二指肠镜浸泡不少于10分钟；
（二）支气管镜浸泡不少于20分钟；
（三）结核杆菌、其他分枝杆菌等特殊感染患者使用后的内镜浸泡不少于45分钟。
第十九条 需要灭菌的内镜采用2%碱性戊二醛灭菌时，必须浸泡10小时。
第二十条 当日不再继续使用的胃镜、肠镜、十二指肠镜、支气管镜等需要消毒的内镜采用2%碱性戊二醛消毒时，应当延长消毒时间至30分钟。
第二十四条 内镜附件的消毒与灭菌方法及要点包括：一、活检钳、细胞刷、切开刀、导丝、碎石器、网篮、造影导管、异物钳等内镜附件必须一用一灭菌。首选方法是压力蒸汽灭菌，也可用环氧乙烷、2%碱性戊二醛浸泡10小时灭菌……，具体操作方法遵照使用说明。
第二十八条 每日诊疗工作开始前，必须对当日拟使用的消毒类内镜进行再次消毒。如采用2%碱性戊二醛浸泡，消毒时间不少于20分钟，冲洗、干燥后，方可用于病人诊疗。
第三十条 硬式内镜的消毒或者灭菌方法及要点包括：三、不能采用压力蒸汽灭菌的内镜及附件可以使用2%碱性戊二醛浸泡10小时灭菌。
活化
戊二醛的水溶液是酸性的，通常在酸性状态下是不杀芽孢的。 只有当溶液通过碱性活化，使其pH值为7.5-8.5时，这时的溶液才可以杀死芽孢。 一旦活化，这些溶液具有至少14天的保质期。在碱性pH水平下，戊二醛分子容易聚合。 戊二醛的聚合，使得其负责杀死芽孢的戊二醛分子活性位点醛基得到闭合，从而杀菌效果会降低。