二溴海因具有良好的消毒效果，并且在使用中不受水质、盐度、pH值、水温、有机质等的影响，在水产养殖中多用于池塘消毒，预防和治疗疾病。
作用原理
二溴海因在水体中水解主要形成次溴酸，以次溴酸的形式释放出溴。释放溴的反应很快，在水体中能不断放出溴离子，从而起到杀菌作用。在二溴海因的作用下，枯草杆菌黑色变种芽孢蛋白质漏出，漏出量随药物剂量的增加和作用时间延长而增加；但正常情况下不会漏出蛋白质。这说明其仅对枯草杆菌的黑色变种芽孢有破坏作用。
二溴海因用于水体消毒后，缓慢释放有效成分，在用药后30小时～48小时，水体中的有效成分——活性溴始终保持恒定，可使水体在较长时间内处于抑菌状态。在水体中的水解产物是二甲基海因，在自然条件下被光、氧、微生物在较长时间内分解为氨和二氧化碳，不会因为残留而污染环境。预防疾病时的用量为0.15g/m3～0.20g/m3(即每亩1m水深用量100g～150g)，每15天用药1次。治疗时用药量为0.30g/m3～0.35g/m3(即每亩1米水深用量200g～250g)。清塘时的用量为3g/m3～5g/m3，兑水后全池泼洒；病情严重晨隔日重复1次。
优势与注意事项
（1）杀菌谱广，对各种微生物均有杀灭作用，包括细菌芽胞、细菌繁殖体、真菌、病毒、藻类和某些寄生虫，属于高效消毒剂；
（2）杀菌作用强，用含有效溴lmg/L～3mg/L的二溴海因，作用10min～15min，可杀灭悬浮液中99.90%的大肠杆菌和金黄色葡萄球菌；1000mg/L，作用60min可杀灭枯草杆菌芽胞；
（3）稳定性好，对消毒粉和消毒片，用加速试验法测定其稳定性，在54℃下放置14d(相当于自然存放一年)，有效含量下降很少，自然存放二年，有效含量变化在允许范围之内；消毒液的稳定性也较好；
（4）影响消毒效果的因素小，例如，一般含卤消毒剂在高pH下会迅速分解，失去杀菌作用，但pH对二溴海因影响不大；
（5）消毒后无残留毒物。二溴海因在消毒过程中释放出有杀菌作用的有效溴，剩余二甲基乙内酰脲分解成氨气和二氧化碳气体，对环境基本无污染；
（6）二溴海因不产生难闻的刺激性气味，使用浓度对大多数消毒物品基本无损害；
（7）价格便宜，按有效含量和使用浓度计算，价格较低；
（8）固体消毒剂和用二溴海因配制的消毒液稳定性均较好。
（9）二溴海因消毒剂的主要缺点是溶解性较差，早期的产品还存在保存过程中易变黄问题。近年来的研究已经基本克服了上述不足。