DAPI(4’,6-二脒基-2-苯基吲哚二盐酸盐)是一种能够与DNA中大部分A，T碱基相互结合的荧光染料。高浓度的DAPI可以穿透细胞膜，用于活细胞和固定细胞的染色。DAPI染色液常用于细胞凋亡检测，染色后用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测显蓝色。此外，DAPI具有很高的光漂白承受水平，能用来检测酵母线粒体DNA，叶绿体DNA，病毒DNA，Microplasm DNA以及染色体DNA。
检测原理
DAPI可以和双链DNA富含AT序列的小沟结合，产生比自身强20多倍的蓝色荧光。DAPI也可对RNA进行染色，染色机理是其可以选择性嵌入“AU序列”并发出荧光。相比DAPI-dsDNA（Ex/Em=358 nm/461 nm），DAPI-RNA具有较长的最大发射波长（500 nm），其荧光亮度仅有DAPI-dsDNA的20%。
使用方法
（1）DAPI储存液及工作液的配置
储存液的配置 ：DAPI分子量为350.25，配置5mg/mL（约14mM）的母液：用1mL无菌水将5mg DAPI完全溶解后分装，-20℃冻存。
工作液的配置：使用1×PBS或培养基将恢复到室温且完全融化的DAPI储存液稀释为5 μg/mL（约14 μM）的工作液（1:1000）。
注意：工作液建议现用现配，可于4℃暂存，当天使用完。
（2）染色操作
对于细胞或组织样品，固定后，适当洗涤去除固定剂。随后如果需要进行免疫荧光染色，则先进行免疫荧光染色，染色完毕后再按后续步骤进行DAPI 染色。如果不需要进行其它染色，则直接进行后续的DAPI 染色。
对于贴壁细胞或组织切片，加入少量DAPI 染色液，覆盖住样品即可。对于悬浮细胞，至少加入待染色样品体积3 倍的染色液，混匀。
室温放置3-5 分钟，吸除DAPI 染色液，用TBST、PBS 或生理盐水洗涤2-3 次，每次3-5 分钟。
直接在荧光显微镜下观察或封片后荧光显微镜下观察。细胞发生凋亡时，会看到凋亡细胞的细胞核呈致密浓染，或呈碎块状致密浓染。
其他染料
除了DAPI 染色液外，常见的细胞核染料还包括以下几种：
蓝色：Hoechst 33342（活细胞）、Nuclear Violet LCS1（活细胞）、Nuclear Blue DCS1（死细胞）、DAPI（活&死细胞）；
绿色：SYTOX™ Green（活细胞）、DMAO（活细胞）、Nuclear Green LCS1（活细胞）、Nuclear Green DCS1（死细胞）；
橙色及红色：Nuclear Orange LCS1（活细胞）、Nuclear Orange DCS1（死细胞）、Nuclear Red LCS1 / LCS2（活细胞）、SYTO™ 深红色（活细胞）；
吖啶橙（死细胞）、PI（死细胞）、7-AAD（死细胞）、Ethidium Homodimer-1（死细胞）、Nuclear Red DCS1（死细胞）等。
注意事项
DAPI对人体有一定刺激性，请注意适当防护。
荧光染料都存在淬灭的问题，建议染色后尽量当天完成检测。
为减缓荧光淬灭可以使用抗荧光淬灭封片液。
低浓度的DAPI不容易穿透细胞膜。