CNV分析

CNV，即拷贝数变异(Copy number variation, CNV),是由基因组发生重排而导致的, 一般指长度为 1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少，主要表现为亚显微水平的缺失和重复。基因拷贝数多态(CNV)是造成个体差异的重要遗传基础，它在人类基因组中分布广泛, 其覆盖的核苷酸总数大大超过单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)的总数, 极大地丰富了基因组遗传变异的多样性。CNV对于物种特异的基因组构成、物种的演化和系统发育以及基因组某些特定区域基因的表达和调控可能具有非常重要的生物学意义。因此，CNV也是近来基因组学的研究热点，并且异常的DNA拷贝数变化（CNV）是许多人类疾病（如癌症、遗传性疾病、心血管疾病）的一种重要分子机制。作为疾病的一项生物标志，染色体水平的缺失、扩增等变化已成为许多疾病研究的热点。拷贝数目变异(CNV)的研究主要集中在人类基因组，研究内容包括在全基因组范围内CNV多态性的检测，基因组某个特定区域CNV的多态性与某种复杂疾病及疾病易感性的关联分析以及CNV的进化等。 CNV在基因组中的存在形式主要有5种：2条同源染色体同时出现缺失； 1条同源染色体发生缺失，另1条正常；1条同源染色体出现拷贝数重复，另l条正常；1条同源染色体出现缺失，另1条出现拷贝数重复；2条同源染色体同时出现拷贝数重复。1. 比较基因组杂交芯片是目前检测CNV多态性最常用的方法，随着人类基因组测序工作顺利进行 ,BAC文库、cDNA文库和Contig.文库在公共数据库中大量积累, 使得把芯片技术运用于比较基因组杂交成为可能，比较基因组杂交芯片反映的图谱清晰度主要由阵列的探针长度和点样数目决定。
2. SNP芯片是另一种有效检测CNV的技术，比较基因组杂交芯片不同的是, SNP芯片不需要同时使用两个样本的DNA(实验组和对照组)和探针进行双杂交, 只需单杂交即可完成；
3. 基于不同个体的DNA序列比对是检测CNV的最直接的方法，这种方法的最大优势是图谱的清晰度可以达到单核苷酸水平。但由于测序费用的昂贵,要对一个群体的多个个体进行基因组测序还不现实；
4. 定量PCR也可用于CNV的检测，可用TaqMan探针,利用荧光定量PCR进行CNV的检测。