培养基中的沉淀和污染都会导致培养基浑浊或出现异物，但两者的成因和处理方式完全不同。沉淀是物理化学变化所致，通常不影响细胞生长；而污染是微生物侵入，会迅速破坏细胞培养环境。以下是系统性的区分方法：
一、从外观特征初步判断
二、显微镜观察是关键鉴别手段
沉淀：
显微镜下为无定形颗粒、晶体或絮状物，无结构、无运动性。
常见于更换血清批次或低温储存后出现的蛋白沉淀。
污染：
细菌污染：可见大量微小颗粒、杆状或球状结构，部分具有运动性。
真菌污染：可见分枝状菌丝、孢子结构，酵母菌呈圆形芽殖形态。
支原体污染：普通显微镜不可见，需特殊染色或PCR检测。
提示：若黑点不游动且细胞状态正常，可能是细胞碎片或沉淀；若黑点游动、培养基浑浊、细胞死亡加快，则极可能是污染。
三、结合培养基处理与环境因素分析
支持“沉淀”的线索：
出现在新配制或冷藏后的培养基中；
使用含高浓度钙、磷酸盐的培养基（如DMEM）时更常见；
温度波动（如反复冻融、加热后快速冷却）后出现；
静置或过滤后浑浊减轻，细胞活性不受影响。
支持“污染”的线索：
开封后未严格无菌操作；
培养箱、超净台未定期消毒；
多个培养瓶同时出现类似现象；
培养基pH迅速下降（由红变黄），提示细菌代谢产酸。
四、辅助检测方法提升判断准确性
特别注意：血清解冻后出现的脂蛋白沉淀属于正常现象，不影响使用；而MC、TTB等培养基本身含不溶性碳酸钙，灭菌后有沉淀也为正常。