棉子糖为白色结晶粉末。从水溶液结晶时带有五分子结晶水。密度1.465。熔点80℃。缓缓加热至100℃时失去结晶水。由棉子饼磨粉水解或甜菜糖蜜制得的一种三糖。由右旋半乳糖、右旋葡萄糖和左旋果糖各一分子组成。无水物熔点118~119℃。溶于水。极微溶于乙醇。有右旋光性。
棉子糖在自然界植物中广泛存在，在很多蔬菜（卷心菜、花椰菜、马铃薯、甜菜、洋葱等）、水果（葡萄、香蕉、猕猴桃等）、稻谷（小麦、水稻、燕麦等）一些油料作物的籽仁中（大豆、葵花籽、棉籽、花生等）都含有数量不等的棉子糖；其中棉籽仁中棉子糖的含量达4-5%。人们熟知的功能性低聚糖--大豆低聚糖中的主要功效成分之一就是棉子糖。
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