百菌清和多菌灵都是广谱性杀菌剂，而它们的区别就在于，百菌清喷到植物体上之后，能在体表上产生很良好的黏着性，不容易被雨水冲刷掉，而多菌灵却是有高效低毒内吸性杀菌剂，有着内吸治疗和保护作用，在喷到植物体上之后，可以内吸到植物的体内然后发挥药效。
多肉常用杀菌剂多菌灵和百菌清的具体区别：
一、百菌清：
百菌清为广谱保护性杀菌剂，化学性质稳定，无腐蚀作用，对人畜低毒，对鱼类毒性大，主要防治多种真菌性病害，但对土传腐霉属菌所引起的病害效果不好，对多菌灵产生抗药性的病害，改用百菌清防治能收到良好的效果。多菌灵为内吸性杀菌剂，对热稳定，对酸、碱不稳定，兼有保护和治疗作用，内吸传导主要是向顶型，对人、畜、鱼、蜜蜂低毒，在土壤中易分解失效。所谓内吸剂，就是该药剂能被作物吸收到体内而不失效，能对植物体内的病原菌发生作用，这种药剂也称化学治疗剂，一般用于发病的植物，但大多数内吸剂也兼有触杀的作用，多菌灵就属此类。所谓触杀剂，就是杀菌剂沉积在植物表面上与病原菌发生接触时杀灭或抑制病菌，这种药剂或者不能被植物吸收或者被植物吸收后立即分解失效，对植物体内的病菌不发生作用，百菌清就属此类。
二、多菌灵：
市场销售的多菌灵，多为50%的可湿性粉剂和40%的胶悬剂。不论哪一种剂型都应选用优质产品，还要注意产品的有效期，生产日期为一年以内的，超过这个期限的应酌情增加用量，完全失效的杜绝使用。
多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，在使用多菌灵时应适当提高培养料的PH值，以抑制毛霉、根霉的生长。由于多菌灵耐高湿，使用时将培养料进行发酵、高温灭菌处理，以杀灭霉菌。银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，要避免使用。
用多菌灵拌料，应严格控制药液的浓度，一般用含量为50%的粉剂，以占料干重的0.1%即可杀死和抑制杂菌生长；若加大用量，不但成本增加，还会影响菌丝生长，导致污染。拌料时，要先把药剂溶入足量水中搅拌均匀，拌入料后还要拌匀，以免发生点片污染。多菌灵在碱性环境中容易分解失效，因此拌料时不能同时使用石灰，更不能把多菌灵、石灰混合液久置。另外，多菌灵易使杂菌产生抗药性，所以应避免长期使用，可交替使用其他杀菌剂。
但是从使用角度上来说，两者其实都差不多，不过百菌清更适合灌根，多菌灵则更适合用于喷叶，附着力强，持久有效，对已发病叶片治疗效果强于百菌清，内吸杀菌能力也强于百菌清。
另外，有人可能一看两者一个内吸一个黏附，索性百菌清和多菌灵混用，其实这个是错误的，两者应该严格遵守交替使用的原则，而不是混在一起使用!
使用百菌清的注意事项：
1.由于百菌清的药效相对来说比较慢，所以一定要注意使用时机，尽可能的提早使用。
2.百菌清是广谱性杀菌剂，但不能被植物组织吸收和在体内传导，属于保护性杀菌剂，在使用时要注意均匀喷施。
3.尽管百菌清是我们常用的一种老药，但还是要注意使用浓度，以防产生药害，上图为菜农用百菌清烟剂防治病害，因用量太大产生了严重的药害，把番茄叶片都烧干了。
4.百菌清对鱼和蜜蜂的毒性也都较强，因此，百菌清在水田使用要谨慎，也不宜在作物开花期前后使用。葡萄、梨树、苹果、柿树、枣树的一些品种、部分花卉植物有药害风险，油类物质可能加重药害。
5.百菌清人体暂定每日允许摄大量（TADI）为0.005 毫克/千克（FAO/WHO）。使用百菌清应遵守中国控制农产品中农药残留的合理使用准则（国家标准GB8321.2-87），以百菌清可湿性粉剂为例。
6.百菌清对人的皮肤和眼睛有刺激作用，少数人有过敏反应。一般可引起轻度接触性皮炎，如同被太阳轻度灼烧反应，不经治疗，大约2个星期之内，皮肤经脱皮而恢复。百菌清接触眼睛会立刻感到疼痛并发红。过敏反应表现为支气管刺激、皮疹、眼结膜和眼睑水肿、发炎，停止接触百菌清则症状就会消失。在使用过程中如有药液溅到皮肤上，用肥皂和水清洗以后涂上药，并脱去被药剂污染的衣服和鞋。如吸入中毒，则将患者移至空气新鲜的地方；若呼吸停止，应立即进行人工呼吸，并可进行吸氧。如误食，不要进行催吐，如患者自然呕吐，要保持空气新鲜。神志不清者不能吃东西。对发生过敏的患者，可给予抗组织胺或类固醇药物治疗，无特效解毒剂，可采用对症治疗。
7.百菌清对鱼类有毒，施药时须远离池塘、湖泊和溪流，清洗药具的药液不要污染水源。
8.百菌清应防潮防晒，贮存在阴凉干燥处。严禁与食物、种子、饲料混放，以防误服、误用。使用后的废弃容器要妥善安全处理。