青霉素是20世纪40年代应用于临床的个天然抗生素，随后在青霉素的化学结构基础上又研发了一系列半合成青霉素。
青霉素还有一个名字叫盘尼西林，它算是一个“历史悠久”的老药了；阿莫西林也有个名字叫羟氨苄青霉素，它们都是同属于青霉素类的抗生素。
1、从药物的结构上面来说，阿莫西林是在青霉素的基础上，又多了一个羟基一个氨基，所以叫做羟氨苄青霉素。
2、从抗菌谱上面来讲，青霉素G即平时我们所说的青霉素，属于是窄谱青霉素，对溶血链球菌、肺炎链球菌等革兰氏阳性的球菌、李斯特菌等革兰氏阳性的杆菌、淋球菌等革兰氏阴性球菌以及大多数厌氧菌有效，但是对革兰氏阴性杆菌则是无效的。
而且阿莫西林是属于广谱的青霉素，除了青霉素所能覆盖的细菌之外，还对自身的大肠埃希菌、奇异变形杆菌、沙门菌属、志贺菌属以及流感嗜血杆都有着良好的抗菌活性。青霉素对自身肠球菌仅有的抑制作用，常常需要和其他的抗生素相联合。而阿莫西林对肠球菌作用比较青霉素强。阿莫西林还对幽门螺杆菌有杀灭作用。
并且二者相似，但是又有不同，青霉素主要是对增殖期的细菌有杀灭的作用，对革兰氏阳性菌以及革兰氏阴性球菌，都有相对比较强的杀菌作用，而阿莫西林对革兰氏阳性菌的作用是略低于青霉素，但是它对革兰氏阴性杆菌，比如：破伤风杆菌，幽门螺杆菌等有相对比较强的杀灭作用。我们经常说治疗幽门螺杆菌感染常用的四联药物，其中之一就有阿莫西林。
3、阿莫西林，是属于半合成的青霉素，它有注射剂，也有口服制剂，但是青霉素，仅仅只有注射剂，仅供注射以及静脉滴注使用。二者都用青霉素做皮试。皮试阴性方可使用。
4、适应证的不同，阿莫西林是可以用来治疗伤寒、伤寒带菌者；还可以与克拉霉素、兰索拉唑三联用药以根除胃、十二指肠幽门螺杆菌，降低消化性溃疡复发率。但是青霉素却没有这些适应证。
5、剂型，青霉素G是由于不耐酸，口服之后可以迅速被胃酸所灭活，仅仅吸收给药量的15%左右。所以，青霉素G仅有注射剂型。
而阿莫西林口服则不被胃酸所破坏，而且吸收迅速比较的完全，可以吸收给药量的60%--75%左右。所以，阿莫西林不但有注射剂，也有口服剂型。
6、不良反应，青霉素比较常见的不良反应为变态反应，主要的表现为过敏性的休克、溶血性的贫血、血清病样的反应等。
阿莫西林的口服比较常见的不良反应为胃肠道的反应，比如：腹泻、恶心、呕吐等相对比较的常见，其次则为皮疹，传染性的单核细胞增多症患者比较容易发生。
其实我们从不良反应来看，二者都可以引起过敏的反应，但是青霉素则以速发型的过敏性休克最为严重，如果一旦抢救不及时的时候或许可以致命；但是阿莫西林的这种情况相对比较的少见，发生过敏多则为迟发性的粟粒样皮疹等表现。
所以，综上所述，青霉素和阿莫西林的抗菌谱都不同，适应证也是不同的。青霉素G只有注射剂，而阿莫西林还有口服剂型，在不良反应方面略有不同，临床上面的应用应该根据患者以及疾病的情况合理的进行选用。