用途
苯扎氯铵是许多消费性产品的有效成分：
医药产品如眼、耳和鼻滴剂或喷雾剂中作为消毒剂;
个人护理产品，如洗手液、卫生纸巾和湿纸巾;
润肤液，除臭剂，护发产品和化妆品;
皮肤消毒剂，例如碘酒、滴露;
润喉糖和漱口剂中作为杀生物剂；
杀精剂；
非处方药用于治疗疱疹、冷疮、和单纯性疱疹，例如RELEEV和Viroxyn；
烧伤和溃疡的治疗；
洗涤剂；
纺织品软化剂；
清洁地板和硬表面的消毒，例如来苏尔；
喷雾消毒剂用于硬表面的消毒；
除藻剂用于从道路、屋顶瓦片、游泳池、砖石等地清除藻类、苔藓。
苯扎氯铵与基于乙醇或过氧化氢的消毒剂不同的优点在于，当施用于受伤皮肤时苯扎氯铵消毒剂不会引起皮肤的烧灼感。 苯扎氯铵也可用于在许多非消费过程或产品，包括在外科手术的消毒用途。更全面的用途包括工业上的应用。
药用
苯扎氯铵是滴眼剂经常使用的消毒剂：典型的浓度范围为0.004％至0.01％。更强的浓度可产生腐蚀性，导致角膜内皮不可逆转的损害。
苯扎氯铵也具有表面活性剂的功能，溶解泪膜的脂质以及增加药物渗透性，使其成为有用的赋形剂。
避免使用苯扎氯铵于隐形眼镜清洁液在文献中被讨论。
副作用
虽然在历史上苯扎氯铵已经普遍地作为杀菌剂在眼用药剂，但其具有眼毒性和刺激性，为了符合消费者的需求致使制药公司增加生产不含杀菌剂的药剂，或改用危害较小的杀菌剂替代。
许多大众市场的吸入器和鼻喷雾制剂含有苯扎氯铵作为杀菌剂，尽管大量的证据表明，苯扎氯铵可对纤毛运动、纤毛输送、鼻腔粘膜组织、人类的中性粒细胞的功能和白血球对于局部炎症的反应产生不利的影响。
虽然一些研究表示，在使用浓度低于或不高于0.1%苯扎氯铵的鼻喷剂与药物性鼻炎之间没有关联，但仍已提出建议苯扎氯铵应避免用于鼻喷剂。
在美国鼻类固醇制剂不含有苯扎氯铵的包括布地奈德、曲安奈德、地塞米松、Beconase和Vancenase气溶胶吸入剂。
苯扎氯铵在正常的使用浓度下会刺激中耳组织，其对内耳的毒性已被证明。职业性暴露于苯扎氯铵与哮喘有所关联。
在2011年一个大型临床试验设计用来评估基于不同的活性成分的洗手液在预防病毒在学童之间传播的功效，以排除基于苯扎氯铵洗手液的安全性问题。
苯扎氯铵自1940年以来一直作为药物防腐剂和抗微生物剂来使用。尽管早期的研究证实了苯扎氯铵的腐蚀性和刺激性，苯扎氯铵副作用以及与疾病之间的关联的调查在过去30年才浮出水面。