Boc 酸酐（二碳酸二叔丁酯）广泛用于氨基的 Boc 保护反应，合成过程中常加入过量试剂保证原料完全转化，反应结束后残留的 Boc 酸酐会干扰后续反应，需要在后处理阶段有效脱除，操作需兼顾产物 Boc 氨基甲酸酯结构的稳定性，避免发生脱保护副反应。
胺淬灭水洗法是工艺上优先选用的手段，利用水溶性脂肪胺与过量 Boc 酸酐快速发生酰化反应，生成水溶性 Boc‑胺衍生物，通过水洗去除。常用试剂包含甘氨酸水溶液、稀氨水、N,N‑二甲基乙二胺。将淬灭试剂加入有机反应体系，TLC 监测确认 Boc 酸酐斑点完全消失，有机相再经 10% 柠檬酸水溶液洗涤，除去多余胺类杂质，该方法条件温和，适用于多数对酸碱敏感的 Boc 保护产物，适合放大生产使用。
酸性水解法依靠弱酸环境分解 Boc 酸酐，Boc 酸酐水解生成叔丁醇与二氧化碳。优先选用 pH 约 3 的柠檬酸水溶液，应避免使用高浓度盐酸，即使低温条件下，强酸性介质仍存在使已生成的 Boc 保护基团部分脱除的风险。该方法适合耐受弱酸性条件的底物，反复水洗萃取即可除去分解产物，不适合酸敏感结构底物。
物理分离手段适用于官能团对淬灭试剂不稳定的特殊底物。产物为固体时，Boc 酸酐极性较低，可使用石油醚、正己烷打浆洗涤实现去除。产物为油状物时，可采用柱层析分离，Boc 酸酐极性小，在石油醚‑乙酸乙酯体系中随溶剂前沿最先流出；该方法分离效果好，但处理规模有限，不适合工业化放大。减压蒸馏除去 Boc 酸酐需要高真空条件，实验室常规设备难以实现，一般不推荐使用。
部分特殊体系可采用醇类、咪唑淬灭，淬灭完成后通过浓缩除去挥发性副产物。所有后处理均需要 TLC、核磁确认残留 Boc 酸酐完全去除，同时验证目标产物 Boc 保护基团未发生脱除。