Cyanine3.5-琥珀酰亚胺/活化酯
| 中文名称 | Cyanine3.5-琥珀酰亚胺/活化酯 |
|---|---|
| 中文同义词 | CYANINE3.5-琥珀酰亚胺/活化酯;CY3.5-琥珀酰亚胺酯;CY3.5 NHS ESTER/琥珀酰亚胺活化酯(METHYL);CY3.5-NHS 活化酯;花青素CY3.5琥珀酰亚胺酯;花青素CY3.5活性酯;CY3.5 N-羟基琥珀酰亚胺酯;菁染料CY3.5活性酯 |
| 英文名称 | Cyanine3.5 NHS ester |
| 英文同义词 | Cyanine3.5 NHS ester;Cyanine3.5 NHS ester（BF4）;Cy3.5-NHS;Cyanine3.5 NHS;Cyamine3.5 NHS ester;3-(6-((2,5-Dioxopyrrolidin-1-yl)oxy)-6-oxohexyl)-1,1-dimethyl-2-(3-(1,1,3-trimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[E]indol-2-ylidene)prop-1-en-1-yl)-1H-benzo[E]indol-3-ium;Cy3.5-M SE (Red);Borate(1-), difluoro[5-[[5-[(1E)-2-phenylethenyl]-2H-pyrrol-2-ylidene-κN]methyl]-1H-pyrrole-2-propanoato(2-)-κN1]-, hydrogen (1:1), (T-4)- (ACI) |
| CAS号 | 2231670-85-0 |
| 分子式 | C42H44N3O4+ |
| 分子量 | 654.83 |
| EINECS号 | |
| 相关类别 | 化学试剂;荧光染料 |
| Mol文件 | 2231670-85-0.mol |
| 结构式 |  |
Cyanine3.5-琥珀酰亚胺/活化酯 性质
| 溶解度 | 易溶于DMF等有机溶剂 |
|---|---|
| 形态 | powder |
| 外观 | Dark purple solid |
| 激发峰(Ex)/发射峰(Em) | 591/604 nm (PBS buffer) |
| ε(消光系数) | 116000 L⋅mol−1⋅cm−1 |
| Φ(量子产率) | 0.35 |
| InChIKey | MLTQHYXPKJXNSU-UHFFFAOYSA-N |
| SMILES | CC1(C(=[N+](CCCCCC(=O)ON2C(CCC2=O)=O)C2C=CC3=CC=CC=C3C1=2)C=CC=C1N(C2C=CC3=CC=CC=C3C=2C1(C)C)C)C |
Cy3.5 (Cyanine 3.5) 是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。Cy3.5在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用 Texas Red® 相似的滤片观察，它是一种非常常用的标记染料。Cy3.5-NHS可以用来标记蛋白，抗体，多肽,核酸分子等。
NHS活化酯 （N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy3.5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把Cy3.5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），Cy3.5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy3.5-NHS反应。
Cy3.5-NHS活化酯的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即sulfo-Cy3.5-NHS活化酯。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。
ex/em : 591/604 nm (PBS缓冲液)
消光系数(ε) : 116000 L⋅mol−1⋅cm−1
量子产率(Φ) : 0.35
NHS活化酯 （N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy3.5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把Cy3.5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），Cy3.5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy3.5-NHS反应。
Cy3.5-NHS活化酯的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即sulfo-Cy3.5-NHS活化酯。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。
- NHS ester基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需放到室温回温至少20分钟。
- 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液，或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
- 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊(photobleaching)。
化学性质
外观 : 深紫色固体ex/em : 591/604 nm (PBS缓冲液)
消光系数(ε) : 116000 L⋅mol−1⋅cm−1
量子产率(Φ) : 0.35