花菁类染料在一百多年前就有人工合成。它们最初被使用，是为了增加摄影乳剂的敏感范围，即增加能够形成图像的波长范围，使胶片成像色感更丰富，因此也被用于CD-R和DVD-R介质中。
20世纪90年代初，由CMU的Alan Waggoner及其同事引入了生命科学中最受欢迎的品红染料。这些染料是对自1970年代以来用于血管造影的品红染料Indocyanine Green (ICG)进行了修饰，都包含两个吲哚烯环夹持着多亚甲基链。这些染料被发现对生物分子的非特异性结合低，且由于其巨大的消光系数和良好的量子产率而具有明亮的荧光。
Cy3、Cy5等命名由Ernst等人于1989年首次提出，由于它没有给出其化学结构的任何提示，因此是非标准的。在最初的论文中，编号表示亚甲基的个数，侧链则未作指定。由于这种歧义，文献中对Cy3和Cy5的各种结构都有所指， R基团多有不同。尽管标准Cy系列染料的专利保护已经到期，但Cy命名的商标仍然存在。因此，现在销售的与Cy染料结构相同但名称不同的染料已经出现，或是和Cy染料名称相同但是结构不同的染料也有存在。
许多标准 Cy2 / 3 / 3.5 / 5 / 5.5 / 7 / 7.5 染料的类似物已经被开发出来，使用了多种修饰方法，如Alexa Fluor 染料，Dylight染料，FluoProbes 染料，Sulfo Cy 染料，Seta 染料， IRIS 染料等，这些染料在大多数生化应用中可以与 Cy 染料互换使用，并且在溶解性、荧光或光稳定性上有改进。
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