大豆低聚糖的主要成份棉子糖和水苏糖对双歧杆菌有明显的增殖作用，对有害细菌几乎不起作用。大豆低聚糖在肠道被双歧杆菌吸收利用，被发酵降解成短链脂肪酸和一些抗菌素物质，抑制了外源致病菌和肠内固有腐败细菌的增殖，减少有毒发酵产物及有害细菌酶的产生。双歧杆菌通过磷脂酸与肠黏膜上皮细胞相互配合作用，占据肠黏膜表面，形成一层具有保护作用的生物膜屏障，阻止有害菌群的入侵，起到改善肠道环境和保护肠道的作用。
1、预防便秘
大豆低聚糖具备部分膳食纤维的黏稠性、持水性和水膨胀性的物理特性，同时双歧杆菌发酵低聚糖产生大量的短链脂肪酸，能刺激肠道蠕动、增加粪便湿润度、保持一定的渗透压，促进排便，从而防止便秘的发生。在人体实验中，每天摄入3-10克低聚糖，一周之内便可起到防止便秘的效果。
2、促进肠道内营养物质的生成和吸收
大豆低聚糖促进了双歧杆菌的增殖，双歧杆菌在肠道内能自身合成或促进合成维生素B1、维生素B6、维生素B12、烟酸和叶酸等维生素，同时，还能促进钙质和乳制品的消化吸收，迅速给机体补充营养。
3、降低血压
通过人体实验发现，高血压受试患者每天摄入11.5克大豆低聚糖，持续5周后，人体舒张压的高低与其粪便中双歧杆菌的数量占总细菌数的比例成明显负相关，由此可见，大豆低聚糖通过促进双歧杆菌的增殖达到降低血压的功效。
4、降低血清胆固醇
大量的人体实验已证实了摄入大豆低聚糖后可降低血清胆固醇的水平，每天摄入6-12克大豆低聚糖持续2周至3个月，总血清胆固醇可以明显降低。
5、保护肝脏
人长期摄入大豆低聚糖，能减少体内有毒代谢物质的产生，减轻肝脏解毒的负担，产生互感作用，并对肝炎和肝硬化等肝病均有防治功效。实验表明，让一个69岁患有肝硬化的老年病人每天服用大豆低聚糖3克，5天后其肝昏迷和便秘症状都有所缓解。