琼脂糖凝胶电泳是用琼脂或琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。对于分子量较大的样品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
琼脂糖凝胶电泳原理
琼脂糖凝胶电泳，是以琼脂糖为介质，对不同大小的DNA或RNA实现分离的一种电泳方法。琼脂糖是一种多糖，具有亲水性，但是不带电荷。使得DNA在碱性条件下使其带负电荷（pH8.0的缓冲液)，在电流作用下，以琼脂糖凝胶为介质，由负极向正极移动，根据不同的DNA分子片段的大小和形状不同，在电场中泳动的速率也不相同，同时在样品中加入染料(如EB或花青素关染料）能够和DNA分子间形成络合物，经过紫外照射，可以看到DNA的位置(比对marker可知分子量大小)，从而达到分离、鉴定的目的。如图1为琼脂糖凝胶电泳原理。
操作步骤
步骤如下：
1.制备1%琼脂糖凝胶(大胶用70ml，小胶用50ml): 称取0.7 g(0.5 g)琼脂糖置于锥形瓶中，加入70 ml(50ml)1×TAE，瓶口倒扣小烧杯。微波炉加热煮沸3次至琼脂糖全部融化，摇匀，即成1。0%琼脂糖凝胶液。
2.胶板制备:取电泳槽内的有机玻璃内槽(制胶槽)洗干净，晾干，放入制胶玻璃板。取透明胶带将玻璃板与内槽两端边缘封好，形成模子。将内槽置于水平位置，并在固定位置放好梳子。将冷却到65℃左右的琼脂糖凝胶液混匀小心地倒入内槽玻璃板上，使胶液缓慢展开，直到整个玻璃板表面形成均匀胶层。室温下静置直至凝胶完全凝固，垂直轻拔梳子，取下胶带，将凝胶及内槽放入电泳槽中。添加 1×TAE电泳缓冲液至没过胶板为止。
3.加样:在点样板或parafilm上混合DNA样品和上样缓冲液，上样缓冲液的最终稀释倍数应不小于1X。用10 ul微量移液器分别将样品加入胶板的样品小槽内，每加完一个样品，应更换一个加样头，以防污染，加样时勿碰坏样品孔周围的凝胶面。(注意:加样前要先记下加样的顺序)。
4.电泳:加样后的凝胶板立即通电进行电泳，电压60-100V，样品由负极(黑色)向正极(红色)方向移动。电压升高，琼脂糖凝胶的有效分离范围降低。当溴酚蓝移动到距离胶板下沿约1cm处时，停止电泳。
5.电泳完毕后，取出凝胶，用含有0.5 ug/ml的溴化乙锭1×TAE溶液染色约20 min，再用清水漂洗10 min。
6.观察照相:在紫外灯下观察，DNA存在则显示出红色荧光条带，采用凝胶成像系统拍照保存。