肝毒性
奥利司他通过与肠道的胰腺和胃脂肪酶结合而起作用。无需全身吸收即可达到效果。实际上，口服奥利司他几乎不被吸收（1-3%），其血浆含量通常无法探测或低于4 ng/mL（含量过少，无法抑制血清酶活动）。因此，奥利司他不可能引致全身性不良反应。大量临床试验表明，奥利司他治疗中肝功能测试血清异常情况发生的频率低于安慰剂治疗。然而，已有多例奥利司他引致临床症状明显的急性肝损伤病例。出于肝毒性相关的安全考虑，FDA于2010年公布上述病例。在已公布的病例中，肝损伤初发期多为奥利司他治疗开始后2至12周内。血清酶升高一般为肝细胞受损引致，但部分病例出现严重的肝功能衰竭症状，后恶化致死或要求肝脏移植。超敏症状并不显著，未出现自身抗体。
损伤机制
奥利司他引致肝损伤的机制目前未知。由于仅有少量奥利司他被吸收，肝损伤的机制可能是超敏性反应。但病例报告中超敏性反应的典型症状并不显著。
副作用
肠胃道方面的问题是此药物的主要副作用，包括脂肪泻(因大量未吸收的脂肪到达大肠而产生的稀、油便)、 大便失禁以及紧急频繁的肠道运动。为了减少这些副作用，应避免食用高油的食品，罗氏鲜的生产厂商也建议服用者应搭配低油、低卡路里的饮食。油便和肠胃胀气可以透过将脂肪摄取量降低至每餐15克来控制。
根据Roche，副作用在刚开始聊的时候最严重，且会随着时间而降低副作用发生的频率。XENDOS study 发现使用此药物的人只有36%会在第四年仍有肠胃道的副作用发生，而91%的人会在疗程的年有至少一次的肠胃道副作用发生。还有人提出，随着时间的推移，副作用的减少可能与长期服用低脂饮食有关。 在2010年的5月26日，美国食品药品监督管理局(FDA) 批准了Xenical的修订标签，包括新增了”此药物很少导致肝损伤”的安全信息。
一个在安大略的研究报告指出，在900位使用奥利司他的使用者中发生急性肾损伤的比率比对照组多了三倍。这种效应的推测机制是由于肠道吸收过量的草酸盐并随后沉积在肾脏中，而过量的草酸盐吸收是脂肪吸收不良的已知结果 。
一篇于2013年4月发表在英国医学期刊的研究，针对从1999年到2011年间在英国服用奥利司他的94695位病患做分析，发现没有证据显示服用奥利司他会提高肝功能受损的风险，研究者总结:
在奥利司他疗程准备开始前和刚开始后的这两段期间，急性肝损伤的发生率较高。这表示这个观察到的发生率升高，可能是反映出患者本身健康状态的改变，而与奥利司他的使用无因果关系。