生理功能及作用
抗菌
采用多中心、随机、自身对照的临床试验方法，对110例寻常痤疮患者进行痤疮分级后，给予含木瓜蛋白酶的护肤品，每日2次，连续使用1个月。结果，使用护肤品28天后，皮损有明显改善（P＜0.05）。
抗血栓
木瓜蛋白酶通过抑制活化血小板膜纤维蛋白原受体的表达，并抑制肌动蛋白聚合以及释放反应从而剂量依赖性地抑制血小板聚集反应，有抗血栓形成作用。
应用
木瓜蛋白酶主要被用于将硬的肉纤维（蛋白质组成）切断，并且该用途已经被南美洲的土著居民使用了数千年。该酶是嫩肉粉（在大多数的超级市场都可以买到）的成分之一。由于可以降解生物毒液中的蛋白毒素，木瓜蛋白酶可以在家庭治疗被水母、蜜蜂、黄蜂等蛰伤或被魔鬼鱼刺伤的情况。它也是在澳大利亚流行的急救药“Stop Itch”和“Stop Itch Plus”中的主要成分。
木瓜蛋白酶在准备细胞培养的步中被用于分离细胞。用酶处理小组织块10分钟后，就可以将连接细胞的细胞外基质打断；然后再用蛋白酶抑制剂来停止反应，防止木瓜蛋白酶进一步裂解细胞本身；最后用Pasteur pipette将组织块打散为单细胞悬浮液。
木瓜蛋白酶被用于多种清创手术的准备中，可用于清除伤口上的死亡组织。
它也是一些牙膏或薄荷类糖的成分之一，有助于牙齿亮白。因为这些产品中的木瓜蛋白酶浓度都很低，而且还会被唾液进一步稀释，因此这种亮白效果比较小，需要长时间使用才能见效。
木瓜酵素对敏感性或干性肌肤可能有刺激性，但低于凤梨蛋白酶引起之程度。
此外，亦有新闻指若气喘患者食用嫩精，可能会影响健康。
生产
通常木瓜蛋白酶是以粗制品形式被生产，主要来源是从木瓜树的果实中提取乳液（latex）后制成的干货。乳液是通过割果实的颈部进行收集，或直接在果实上风干，或滴入容器中。风干后的乳液就是木瓜蛋白酶的粗制品。若需对其进行进一步的纯化以除去杂质，就要先溶解粗制品，并用一个标准的过程（政府注册）进行提纯。纯化后的木瓜蛋白酶可以制为干粉或液体。
使用限量
木瓜蛋白酶具有抗菌、抗血栓等生理功能及作用，我国批准其为食品添加剂，按生产需要量添加，使用量为0.5~5mg/kg。