菠萝蛋白酶是一类从菠萝植株中提取的蛋白质水解酶，大量存在于菠萝的果实、芽、叶、茎中。早在 1891 年，科学家马尔卡诺就从菠萝的果汁提取出菠萝蛋白酶，并在临床实验中发现其具有治疗效果。
肌肉拉伤是一类在体育运动、日常劳动和生活中多发常见的肌肉运动类疾病。如果在肌肉结构没有完全恢复的情况下，患者重度或过度地使用肌肉，从而引发了肌肉内部的收缩结构的改变以及收缩蛋白的代谢分解到达了一种不能够自主恢复的稳定状态。
或者，由于过度并重复地使肌肉工作，却没有考虑到肌肉个体的收缩改变结构本身具有的延迟性的特点、以及其承受能力和恢复周期，因而引起了肌肉功能结构的相对稳定状态的改变，将造成慢性肌肉损伤；如果患者在一定的结构变化和机能下降的情况下突然受到强作用力的牵拉，或肌肉组织突然被动的过度拉长，超过了其伸展性，则引起肌肉的急性损伤。
运动拉伤的具体临床表现为：肌肉的局部疼痛或压痛以及肌肉的肿胀或紧张、发硬、痉挛或者功能障碍。如果受伤的肌肉主动收缩或被动拉长时，疼痛感会加重，有些人肌肉拉伤时有撕裂样感，局部肿胀及严重的皮下淤血。
菠萝蛋白酶属于巯基蛋白酶，其蛋白的水解活性高出木瓜蛋白酶10倍。经过长时间的大量动物以及临床试验可知，80%类型以上的菠萝蛋白酶能够完整地被肠道吸收，其在动物的肠道内会以原型按40%的比率被吸收，临床实验中，志愿者在服用菠萝蛋白酶后，其血液中可明显测到菠萝蛋白酶的存在痕迹，菠萝蛋白酶会在血液循环中被充分利用。
菠萝蛋白酶通过激活机体内部的炎症反应，因而具有很好的消炎作用。针对运动产生的肌肉损伤，菠萝蛋白酶可以在肌肉组织中能有效地治疗炎症和水肿，包括骨骼肌的损伤、血肿、炎症等。其机理是因为菠萝蛋白酶具有在体外激活巨噬细胞和自然杀伤细胞的作用。如果将菠萝蛋白酶运用于运动系统的伤痛恢复，可使症状明显改善，耐受性好。
在一项涉及肌肉骨骼系统钝性损伤的研究中，研究了高剂量菠萝蛋白酶的作用和耐受性。研究者是一名骨科外科医生，除常规治疗措施外，还用菠萝蛋白酶制剂治疗了59名患者。应用的持续时间取决于病变的性质和严重程度，以及在一到三周之间的变化。测试标准为肿胀、休息时和运动时的疼痛以及压痛。这些参数在受伤当天和随后的五天进行评估。结果发现，这些参数及肿胀和疼痛症状在所有评估时间点都有明显改善，并且发现，菠萝蛋白酶的耐受性非常好。